Pour le Chéran, la problématique des usages de l’eau est cruciale. Elle touche à la question de son existence. Quelle quantité d’eau peut-on prélever dans le cours d’eau sans risquer de porter atteinte à sa santé ou de le faire disparaître ? Comment organiser le partage de cette eau entre tous, humains et non-humains ?
Le massif, dans lequel le Chéran prend sa source, se situe à une altitude relativement modeste et de fait le bassin versant est vulnérable au réchauffement climatique. Ainsi selon l'INRAE, “La sécheresse constitue le facteur dominant qui altère les forêts en-dessous de 1 000 m d’altitude”. On observe actuellement une baisse du débit des eaux du Chéran. Cette diminution s’explique en partie par les prélèvements effectués par l’homme qui ne prend pas encore assez en compte les besoins de la rivière. Lorsque celle-ci est à sec, les poissons se retrouvent piégés par centaines dans des trous d’eau minuscules et finissent par y mourir. Le travail des pêcheurs permet d’en sauver certains, mais au prix d’un effort considérable : les pêcheurs doivent récupérer les poissons encore vivants et les transporter jusqu’à un endroit où ils pourront survivre.
De manière générale, c’est la pression anthropique qui fait peser de nombreux risques sur la rivière. En aval, entre Genève et Grenoble, le territoire est densément peuplé et les agglomérations d’Annecy et de Chambéry se trouvent chacune à moins de 30 km de la rivière. Le cadre de vie qui mêle montagne, lacs et rivières confère à la région une forte attractivité : les villes grandissent et s’étendent, entraînant aussi de graves problèmes de pollution de l’air.
Mais plus précisément, trois principales activités constituent des risques pour le Chéran.